肖天健在处理过了传教士的事情之后，五月间下旨暂停福建的军事进攻，但是却令罗汝才在湖广南部对广西开始动兵。
罗汝才这几个月间，奉命抽调出了四川和湖广的一批人马，一方面接管了已经宣布投顺大中朝的贵州，配合前去赴任的行政官员对贵州实行统管，另一方面则在湖广南部的郴州、永州两地调兵，并且在湖广南部招募编练新军，集结起了四万余兵马，到了五月间的时候，这些兵马已经结束了训练，做好了出兵的准备。
于是肖天健便下旨，令罗汝才率军，开始对两广用兵，郴州一路人马出郴州攻入广东省，对韶州和南雄等地发动了进攻，而永州一路人马，则将兵锋指向了桂林，如此一来，永历朝便紧张了起来，不得不调集兵力朝桂林和韶州府行动，想要阻挡住大中军对两广的进攻。
何奈时下永历朝的明军无论是装备还是士气都很差，根本就不是已经接近金现代化军队的大中军的对手，在罗汝才动手之后不久，大中军便在韶州大败了明军一场，一举击垮歼灭了明军近两万人马，五月底便攻占了韶州府城，打通了前往广州的通道。
而另一路从永州出发的人马，也很快在桂林一带击破了明军的阻击，兵锋直抵桂林城下，桂林守将马方眼看不敌，当即率部投降了大中军，如此一来桂林也被大中军攻占，永历朝一下便被打蒙了，永历帝生怕大中军一鼓作气杀到广州，于是便在大臣的怂恿下弃了广州府，逃往了南宁。
如此一来永历朝的明军更是士气大衰，无心继续跟大中朝死磕了，仅仅两个月时间，大中军便控制了南雄等地，兵锋直指广州府。
同时桂林方面的大中军在肃清了周边明军的抵抗之后，再次挥师南下，开始对平乐府和柳州府用兵。
但是由于天气炎热，大中军的一些来自北方的老兵，在进入气候炎热的南方之后，开始出现大面积的水土不服的情况，病倒的兵将数量很多，这对于大中军的进攻来说，也造成了很大的影响，大批病患兵将不得不被后送养病，使得接下来的军事行动开始缓慢了下来。
不过幸好罗汝才在动兵之前，从湖广南部招募了不少的新兵，这些人比较适应南方的气候和水土，倒是保存了战斗力，否则的话这次行动很难再有所突破，不过因为雨季的到来，还是使得大中军在两广的行动在进入六月中旬之后，暂时不得不停止了下来。
肖天健看罢了战报之后，同意了罗汝才暂时停止进攻的请求，毕竟南方受到的兵祸比较少，大中朝想要一朝一夕便将永历朝给灭掉，也不是太可能的事情，对于严重依赖火器的大中军来说，想要在南方雨季之中继续大规模的行动，这样会造成大中军大量的伤亡，所以暂时停止行动，也是无奈的事情。
于是在进入六月底之后，南方持续了三个月时间的军事行动暂时停止了下来，战事情况又一次进入到了僵持阶段。