马日磾无奈只得退出，感慨地对别人说王允这种作法恐怕不行吧，善待人才，这是一个国家得以维持和发展的命脉，而让国家经典得以流传，则是重视国家制度和创作的保障。
如今像王允这样不重视贤才，切断国家的命脉，阻碍国家经典的流传，难道能维持久远吗？
可怜蔡邕最后冤死狱中，之后文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允这才真正明白蔡邕的确罪不及死，后悔莫及。
董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重，而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。
他先是想全部赦免董卓的部下，吕布也多次相劝，可继而王允又对群臣解释说，本来他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。
现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了，所以赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。
吕布又想把董卓的财物赏赐公卿、将校，王允又不准。王允平日却看不起吕布，以剑客对待他。吕布也认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐渐与王允不和了。[9]
凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心，董卓死后如何处置凉州兵，是关系王允本人和东汉政权的大事。
王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，并且计划利用关东兵去控制他们。
可是后来有人对王允说，凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。
还不如任命皇甫嵩为将军，去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在那儿，以便安抚军心。
王允坚决反对这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线，现在董卓已死，如果继续把他们屯驻在险恶之地，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心我们不重视他们。
凉州百姓听到王允想解散凉州兵的风声后，便到处传言，说王允要杀掉所有凉州人，一时之间，整个凉州人心惶惶，一片惊慌。
凉州兵将领本来就成了惊弓之鸟，对自己的前途深感忧虑，当他们得知王允要削夺他们的军权，解散凉州兵的消息后，更是惊慌。
绝望的凉州兵寻思，反正是一死，不如死个痛快，于是他们迅速召集军队，严阵以待，准备见机起事，并且互相传告。
蔡邕只不过受了董卓的一点厚遇而已，王允便不分青红皂白地把他杀了，对于我们不仅没有丝毫赦免的意思，反而想剥夺我们的兵权，置我们于死地，我们除了联合起来别无选择。