随着街机版的更新，在单人模式中以随机闯入的形式登场。游戏中，玩家会被强制拉入超梦创造的异世界中被迫与其战斗。
其力量强大得超乎常理，能够一击摧毁类地球行星。然而若按照游戏中的说法，暗影超梦其实是正常超梦的衰弱状态。
“安”是与暗影超梦一起出现的迷之少女，对超梦有着特殊的情感。胸前的胸针正是共鸣石原石。
安在年幼的时候曾受了暗之共鸣石的蛊惑，险些被附身，是超梦突然出现拯救了她，代价却是代替安被暗之共鸣石附身、化身成了暗影超梦。
由于暗之共鸣石不断吸收超梦的能量，为了延续生命，超梦被迫无休止地奔波战斗、寻找补充新的共鸣能量。这样虽然能保住超梦的性命，却也令暗之共鸣石不断成长。
最终竟导致超梦的意志被淹没。
暗之共鸣石更加肆意膨胀，让无数个由共鸣能量链接的平行世界陷入全体崩溃的危机。而希望则在于能够和超梦产生共鸣的主角。
主角一行人藉由共鸣石原石的力量，再次进入了超梦创造的异世界。然而力量被暗之共鸣石强行过载的暗影超梦已是无敌之身，一切攻击一切状态皆对其无效。
主角即将支撑不住之时，与超梦共鸣的天赋迸发而出，竟然唤醒了超梦的意识。
对宿主失去掌控的暗影能量走投无路，冲破禁锢开始倾泻蔓延。与此同时共鸣原石充能完毕，最终共鸣原石的力量占了上风，压制并封印了暗之共鸣石的力量。
超梦则成功与暗之共鸣石分离、获得净化。
其中《宝可梦广播剧：超梦的诞生》是剧场版的补完性作品，相当于《宝可梦：超梦的逆袭》的前传。
原剧中大量介绍了宝可梦的世界背景，以及人类认知并与宝可梦共同生活的历史。
同时还提到了武藏的身世，其生母――宫本听从当时火箭队首领坂木的母亲的命令，深入南美圭亚那的原始丛林寻找梦幻，结果却一去不返。
富士爱的身世小爱的全名。其父――富士博士，全名：多库托尔・富士，以及尚未觉醒的幼年体超梦在沉眠中接受教育的方式。
其中还有不少超梦自己的个人独白，能从中感受超梦在成长过程中，由悲愤、孤独和失去记忆的梦魇缠绕扭曲、以致原本善良的性格逐渐暴戾化。
在《超梦的逆袭》中被截掉的十分钟里有讲述超梦在诞生前的童年，在梦境中遇到了一个名叫小爱的女孩，而这位女孩也是一个拷贝品。
他的父亲是科学家，而小爱便是他最爱的女儿，可惜后来死去了，于是这位身为科学家的父亲想尽了一切的方法希望能让心爱的女儿复活，但实验最终失败，超梦也失去了童年的朋友。