只是后来身患疾病，经常请医生治疗，花费了很多家财，汤药之资，罄尽家产，久病成医，深深理解患者疾苦，于是，18岁时孙思邈便立志究医，颇觉有悟，开始为乡邻治病。是以亲邻中外有疾厄者，多所济益。
到了20岁，孙思邈就能侃侃而谈老子、庄子的学说，精通道家典籍。
孙思邈北周静帝时，杨坚执掌朝政，召孙思邈任国子博士，孙思邈无意仕途功名，认为做高官太过世故，不能随意，坚决不接受，于是出家为道，一心致力于医学。
隋朝时，见国事多端，孙思邈隐居太白山中。他一方面下功夫钻研医学着作，一方面亲自采集草药，研究药物学。认真研读《黄帝内经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等古代医书，同时广泛收集民间流传的药方，热心为人治病，积累了许多宝贵的临床经验。他从理论到实践，再由实践经验中提炼出新的医药学研究成果，以毕生精力撰成了医学着作《千金要方》和《千金翼方》。
李唐历代帝王都想授予孙思邈爵位，但都被他拒绝了，仍回到乡间为民医病。
孙思邈后来隐居在终南山和五台山，一生行医着述，终生没有入仕。
唐永淳元年，孙思邈与世长辞，享年142岁。留下遗嘱：“要薄葬，不要焚烧那些纸扎的阴间器物，祭祀时不宰杀牲畜。”
肖川接着道：“不知孙神医怎么在此看病？”
孙思邈道：“我在太白山修行采药，这几日来长安城看望好友，于是帮他出诊看病。”
肖川道：“孙神医，最近黄河洪水泛滥，百姓流离失所，瘟疫即将爆发，晋王殿下奉陛下之命，在曲江池地区赈济灾民，小子还请孙神医出山，拯救苍生。”
孙思邈道：“贫道这次出山，也是预感到天下即将瘟疫盛行，所以来长安城好友处看看能不能稍进勉力，多救活几个病人，不过贫道一生崇尚自由，不想被仕途牵扯精力，在朝堂上勾心斗角，当今陛下还是北周权臣时，就邀请贫道去做官，结果被贫道拒绝了，现在我心依旧，所以贫道就在这个小医馆里面行医即可。”
肖川道：“孙神医，小子有一言不知当讲不当讲？”
孙思邈道：“居士不必客气，请讲。”
肖川道：“孙神医医术高明，但是人力有穷尽，浑身是铁能打多少跟钉？您一人之力，能救活一千？一万百姓？小子打算在曲江池建立医学院，招收医学生，把医术药方公诸于世，培养出更多优秀的医生，用集体的力量来战胜瘟疫，拯救百姓生命，到时候能够救活的百姓何止千万？”
孙思邈心中一动，嘴上却道：“可是贫道不想做官。”
肖川一拍大腿，心道“不做官的人真是好人呀，你想要做官我也没法去给你封官呀。”嘴上却道：“孙神医，我保证不让陛下贺晋王殿下封您官，您就做我们曲江池医学院的院长，安心行医、着书立说，把千百年来的药方总结成书，功在当代，利在千秋呀！”